Daniel Jackson (qui apparaît dans le premier épisode de la série) identifie l'adresse complète à 8 chevrons de la porte des étoiles d'Atlantis. Pour activer cette porte, une puissante source d'énergie est nécessaire. Le général O'Neill (qui apparaît aussi dans le premier épisode et dans des épisodes de la 3e saison) accepte d'utiliser l'unique E2PZ (Extracteur de Potentiel du Point Zéro, « ZPM » en anglais) en possession des Terriens afin d'avoir la puissance nécessaire pour activer la porte vers Atlantis.

Une équipe internationale de chercheurs et militaires est constituée et envoyée au travers de la porte afin d'établir une nouvelle unité de commande dans la galaxie de Pégase. Tous savent qu'il n'y aura pas de retour possible à moins de retrouver une source d'énergie assez puissante pour retourner sur Terre.

La galaxie de Pégase possède un autre réseau de portes des étoiles (dont l'aspect diffère des portes de notre galaxie) qui a aussi été construit par les Anciens, mais seule la porte d'Atlantis a la capacité d'établir une connexion vers la Terre (grâce à un DHD amélioré). Au cours de leur première visite d'une planète, grâce au nouveau réseau de portes de la galaxie de Pégase, l'équipe d'Atlantis découvre un nouvel ennemi appartenant à une race d'extraterrestres appelés Wraith. Ce nouvel ennemi semble bien plus redoutable que ne l'étaient les Goa'uld…

Bien que Stargate SG1 est ma série préférée, Atlantis a de nombreux atouts. Oui, rien que la cité des Anciens m'a complètement hypnotisé, elle juste magnifique ! L'histoire des 3 premières saisons est originale et est cohérente avec celle de SG1 (d'ailleurs l'équipe SG1 intervient dans Stargate Atlantis et vice versa). Un vrai délice.
Je trouve dommage que la fin soit bâclé et qu'ils n'ont pas fait de preuve d’imagination pour les nouveaux ennemis extraterrestres (des versions de certaines races qu'il y a dans Stargate SG1) :(
Mais bon, cela ne m'a pas empêché d'aimer cette série, surtout qu'on y retrouve des personnages attachant et drôle.